BioMCP

Ce que fait cet outil

BioMCP fournit une interface unifiée pour interroger des sources biomédicales fiables. Il élimine la nécessité de naviguer à travers plusieurs API fragmentées en fournissant une grammaire unique pour rechercher et pivoter entre gènes, variants, médicaments, maladies et essais cliniques.

Outils

• search : Découverte multi-entités à travers la littérature et les bases de données.
• get : Récupération ciblée de fiches d'entités détaillées (ex: voies géniques, fréquence de population d'un variant).
• enrich : Analyse d'enrichissement de jeux de gènes via g:Profiler.
• study : Analyse locale de jeux de données de style cBioPortal avec génération de graphiques.
• batch : Récupération parallèle de multiples entités biomédicales.

Installation

Installez via le script binaire ou l'outil PyPI :

curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash

Pour les clients MCP, ajoutez à la configuration :

{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "biomcp",
      "args": ["serve"]
    }
  }
}

Hôtes supportés

Support confirmé pour Claude Desktop et d'autres clients MCP standards.