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de clawbio737
Exécute l'analyse de l'expression différentielle sur la protéomique quantitative sans marquage (MaxQuant, DIA-NN), incluant le prétraitement, l'imputation, les tests statistiques et la visualisation.
Réalise une analyse complète de l'expression différentielle pour la protéomique LFQ : analyse des entrées MaxQuant et DIA-NN, filtrage des contaminants, transformation log2, imputation gaussienne décalée, tests statistiques (t-test à deux échantillons avec correction FDR basée sur s0) et visualisations diagnostiques (PCA, volcan, diagnostics d'imputation). Produit un répertoire de rapport reproductible avec figures et tableaux.
Utilisez cette compétence lorsque vous disposez de fichiers proteinGroups (MaxQuant) ou de sorties DIA-NN et que vous avez besoin d'un pipeline d'analyse DE reproductible (ex: DE exploratoire rapide sur des contrastes traitement vs contrôle). Non destinée au traitement brut de la MS ou à l'interprétation biologique — c'est un pipeline d'analyse/visualisation qui nécessite une revue des résultats par l'utilisateur.
proteomics_de.py sont présents dans le dépôtAgents capables d'exécuter des flux de données Python (agents compatibles CLI, runtimes OpenClaw locaux, ou agents axés sur le code avec python3 disponible).
Compétence d'analyse de l'expression différentielle protéomique pour les données MaxQuant et DIA-NN LFQ. Aucun script groupé — le fichier SKILL.md documente un outil CLI (proteomics_de.py) qui doit être fourni séparément. Décisions de domaine, règles de sécurité, contrats d'entrée/sortie et références académiques bien documentés. Audience bio-informatique de niche.
Compétence propre, sans problèmes de sécurité. SKILL.md bien structuré avec une documentation claire. Manque de scripts groupés, ce qui limite l'utilisabilité immédiate — l'agent aurait besoin du script proteomics_de.py disponible séparément.
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