de openclaw-medical-skills2,096
Aide au pipeline de contrôle qualité, trimming, alignement et traitement BAM de données de séquençage — encapsule FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2 et SAMtools.
Seq Wrangler est un skill spécialisé qui permet à un agent d'effectuer le contrôle qualité des données de séquençage, le trimming des adaptateurs, l'alignement sur des génomes de référence, le traitement BAM (tri, indexation, marquage des doublons), les statistiques de couverture et l'agrégation MultiQC. Il aide également à exporter des pipelines complets sous forme de scripts shell ou de workflows Nextflow.
Utilisez ce skill lors du traitement de données NGS FASTQ : exécution de FastQC, trimming des adaptateurs, alignement des reads avec BWA/Bowtie2/Minimap2 et production de fichiers BAM prêts pour l'analyse avec SAMtools/picard. Il est destiné aux pipelines bioinformatiques et aux laboratoires ayant besoin d'étapes de traitement de séquences automatisées et reproductibles.
Idéal pour les agents ayant un accès shell et des chaînes d'outils bioinformatiques disponibles (agents Linux/macos avec samtools, bwa/bowtie2/minimap2).
Seq Wrangler is a planned (not yet implemented) skill for bioinformatics sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing. It wraps standard tools like FastQC, BWA, Bowtie2, Minimap2, and SAMtools. The SKILL.md is well-structured but purely aspirational — marked as 'Planned' targeting Week 4-5. No scripts exist to test. Security is clean with no concerning patterns.
Planned skill with good documentation structure but zero implementation. Useful concept for bioinformatics audience but currently non-functional.
