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Skill de traitement de données de spectrométrie de masse : import/export mzML/MGF/MSP, application de filtres, calcul de similarité spectrale et création de pipelines de traitement reproductibles.
Matchms fournit une collection d'instructions et d'exemples pour traiter les spectres de spectrométrie de masse : chargement à partir de formats courants (mzML, MGF, MSP), normalisation et filtrage des pics, harmonisation des métadonnées, calcul de la similarité spectrale (cosinus, cosinus modifié) et composition de pipelines de traitement pour une analyse reproductible. Il s'adresse à la métabolomique et aux pipelines de données MS.
Utilisez ce skill lorsqu'un agent doit ingérer des données spectrales brutes, exécuter des filtres et un contrôle qualité standardisés, calculer des scores de similarité par rapport à des bibliothèques, ou créer des pipelines de traitement par lots pour l'analyse et l'annotation. Idéal pour automatiser le prétraitement spectral routinier et les tâches de correspondance de bibliothèques.
references/ avec des documents détaillés (filtrage, similarité, import/export, workflows). (has_references: true)Agents capables d'exécuter des environnements Python et des étapes d'installation shell (pip) — idéal pour les agents avec une capacité d'exécution Python et un accès aux packages scientifiques.
Compétence de documentation bien structurée pour la bibliothèque Python matchms couvrant l'import/export de données de spectrométrie de masse, le filtrage, la similitude spectrale et la construction de pipelines. Aucun script inclus — purement instructif avec des exemples de code. SKILL.md propre avec une bonne divulgation progressive via le répertoire references/, bien que les références ne soient pas réellement incluses. Domaine scientifique de niche avec un public réel mais restreint.
Compétence instructive propre, sans problèmes de sécurité. Bien écrite, mais le répertoire references/ est aspirationnel plutôt qu'inclus. L'installation via 'uv pip install' sans confirmation est une considération sécuritaire mineure.
