Compétences d'agent

matchms — Traitement de la Spectrométrie de Masse

activer007

Compétence de bibliothèque Python pour l'importation, le filtrage et la comparaison de spectres de masse (mzML/MGF/MSP) ; construit des pipelines de prétraitement reproductibles et calcule la similitude spectrale

MatchMS — Utilitaires de Spectrométrie de Masse

marketplace

Importe, traite et compare des spectres de spectrométrie de masse (mzML/MGF/MSP) avec des filtres, des métriques de similarité et des pipelines reproductibles pour les flux de travail métabolomiques.

Matchms — Outils de Spectrométrie de Masse

kosmos

Skill de traitement de données de spectrométrie de masse : import/export mzML/MGF/MSP, application de filtres, calcul de similarité spectrale et création de pipelines de traitement reproductibles.

MatchMS

ordinary-claude-skills

Bibliothèque de traitement et d'analyse de spectrométrie de masse pour l'importation de fichiers mzML/MGF/MSP, l'harmonisation des métadonnées, le filtrage des pics et le calcul de similitudes spectrales.

Codage Positionnel pour Séquences Spectrales

asb-skill-collections

Intègre des informations séquentielles dans les paires m/z-intensité du spectre de masse pour l'interprétation MS/MS basée sur les transformeurs dans IDSL_MINT.

Transformation et Collation de Champs d'Enregistrement

asb-skill-collections

Transformez et collationnez des enregistrements tabulaires en dictionnaires JSON structurés à l'aide du mappage de champs, du filtrage et du regroupement pour les métadonnées scientifiques.

Extraction du Spectre de Fragmentation

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Extraire et déconvoluer des spectres de fragmentation individuels à partir de données de spectrométrie de masse composites pour l'annotation en métabolomique et exposomique.

Génération de rapports QC de métabolomique

asb-skill-collections

Automatise l'exportation des résultats de contrôle qualité de métabolomique LC-MS vers des graphiques prêts pour la publication, des rapports HTML et des tableaux de données.

Organisation des Métadonnées de Réseau Moléculaire GNPS

asb-skill-collections

Récupère, extrait et standardise les archives de jobs de réseautage moléculaire GNPS pour l'intégration NPLinker.

Imputation de Table de Caractéristiques Métabolomiques

asb-skill-collections

Remplace les valeurs zéro et manquantes dans les tables de caractéristiques métabolomiques LC-MS en utilisant une interpolation basée sur la valeur minimale.

Codage et décodage de vecteurs de gradient LC

asb-skill-collections

Convertit les paramètres de gradient LC en vecteurs numériques normalisés pour l'optimisation bayésienne et la régression GP.

Comblement des lacunes métaboliques dépendant de la communauté

asb-skill-collections

Résout les lacunes métaboliques dans les reconstructions de consensus individuelles en exploitant le contexte partagé au sein de communautés microbiennes ou végétales multi-membres.

MS-DIAL metabolomics preprocessing

bioskills

Prétraitement headless MS-DIAL pour les flux LC/GC : peak picking, déconvolution MS2Dec, alignement et import honnête de tables de caractéristiques vers R ou Python.

Annotation de Séquence d'Injection

asb-skill-collections

Identifie et valide l'espacement des échantillons QCpool dans les exports de métabolomique/lipidomique Sciex Multiquant.

Chargeur de poids pré-entraînés PyTorch

asb-skill-collections

Chargez des checkpoints de modèles PyTorch pré-entraînés pour classer des molécules candidates ou analyser des spectres en métabolomique sans réentraînement.