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de Agentic Science Builder Skill Collections15
Automatise l'exportation des résultats de contrôle qualité de métabolomique LC-MS vers des graphiques prêts pour la publication, des rapports HTML et des tableaux de données.
Cette compétence permet à un agent de packager des résultats analysés de contrôle qualité de métabolomique provenant d'un objet SummarizedExperiment mzQuality dans un répertoire de projet structuré. Elle génère des visualisations de haute qualité et des rapports HTML interactifs qui classent les composés par niveaux de confiance (Confiance élevée, Caution et faible rapport signal/bruit).
Utilisez cette compétence après que le processus doAnalysis a été complété, y compris la détection des valeurs aberrantes, la correction de lot et le filtrage de la fiabilité. Elle est idéale pour communiquer des résultats scientifiques à des utilisateurs non-R ou pour préparer des données pour une publication.
createReports, la configuration des rapports de résumé et de composés, et la validation de la structure du répertoire de sortie.mzQuality et le framework SummarizedExperiment.Conçue pour les agents capables d'exécuter des scripts R ou d'interagir avec des pipelines bioinformatiques basés sur Bioconductor (par exemple, des agents IA scientifiques spécialisés, Claude Code avec un environnement R).
Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.
Inspecteur de Workflow GitHub Actions
Vérifiez et reproduisez localement les workflows CI de GitHub Actions pour valider le statut des badges et l'intégrité du build.
Annotation de Séquence d'Injection
Identifie et valide l'espacement des échantillons QCpool dans les exports de métabolomique/lipidomique Sciex Multiquant.
Chargeur de poids pré-entraînés PyTorch
Chargez des checkpoints de modèles PyTorch pré-entraînés pour classer des molécules candidates ou analyser des spectres en métabolomique sans réentraînement.
Codage Positionnel pour Séquences Spectrales
Intègre des informations séquentielles dans les paires m/z-intensité du spectre de masse pour l'interprétation MS/MS basée sur les transformeurs dans IDSL_MINT.
Transformation et Collation de Champs d'Enregistrement
Transformez et collationnez des enregistrements tabulaires en dictionnaires JSON structurés à l'aide du mappage de champs, du filtrage et du regroupement pour les métadonnées scientifiques.
Extraction du Spectre de Fragmentation
Extraire et déconvoluer des spectres de fragmentation individuels à partir de données de spectrométrie de masse composites pour l'annotation en métabolomique et exposomique.
Seq Wrangler
Sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing pipeline helper — wraps FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2, and SAMtools for automated re
ToolUniverse Gateway
Unified agent gateway to 1000+ scientific tools (bioinformatics, drug discovery, genomics) via Harvard's ToolUniverse, returning JSON for downstream workflows.
MatchMS (mass spectrometry processing)
Mass spectrometry data processing: import/export mzML/MGF/MSP, filter and normalize spectra, compute spectral similarity (cosine/modified cosine), and build rep
Quality Control Provisions (Trademark License Exhibit)
Drafts a trademark license exhibit establishing quality standards, inspection rights, sample approval procedures, remediation, and recall obligations to preserv
matchms — Mass Spectrometry Processing
Python library skill for importing, filtering, and comparing mass spectra (mzML/MGF/MSP); builds reproducible preprocessing pipelines and computes spectral simi
MatchMS — Mass Spectrometry Utilities
Import, process and compare mass spectrometry spectra (mzML/MGF/MSP) with filters, similarity metrics and reproducible pipelines for metabolomics workflows.
KEGG Pathway Enrichment (clusterProfiler)
Run KEGG pathway and module enrichment using clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) to find metabolic and signaling pathways over-represented in a gene list.
Network Toxicology & Docking Research Planner
Generates four-tier network toxicology + molecular docking study designs (Lite → Publication+) with step-by-step workflows, validation strategies, figure plans,