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Transformez et collationnez des enregistrements tabulaires en dictionnaires JSON structurés à l'aide du mappage de champs, du filtrage et du regroupement pour les métadonnées scientifiques.
Cette compétence fournit une approche systématique pour nettoyer et restructurer les métadonnées expérimentales brutes. Elle transforme des données tabulaires d'une forme JSON intermédiaire en dictionnaires conformes au schéma en mappant les champs sources vers des en-têtes de sortie spécifiques et en collationnant plusieurs enregistrements sous des champs de regroupement.
Appliquez cette compétence lors de la préparation de données de feuilles de calcul brutes pour soumission à des répertoires tels que le Metabolomics Workbench (mwTab). Elle est idéale pour les scénarios nécessitant une logique de transformation de type matrice, comme le filtrage par règles d'exclusion ou l'application de transformations Python personnalisées.
Agents IA scientifiques, spécifiquement ceux intégrés à l'écosystème AgenticScienceBuilder ou capables d'exécuter des scripts Python pour la transformation de données.
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Inspecteur de Workflow GitHub Actions
Vérifiez et reproduisez localement les workflows CI de GitHub Actions pour valider le statut des badges et l'intégrité du build.
Annotation de Séquence d'Injection
Identifie et valide l'espacement des échantillons QCpool dans les exports de métabolomique/lipidomique Sciex Multiquant.
Chargeur de poids pré-entraînés PyTorch
Chargez des checkpoints de modèles PyTorch pré-entraînés pour classer des molécules candidates ou analyser des spectres en métabolomique sans réentraînement.
Codage Positionnel pour Séquences Spectrales
Intègre des informations séquentielles dans les paires m/z-intensité du spectre de masse pour l'interprétation MS/MS basée sur les transformeurs dans IDSL_MINT.
Extraction du Spectre de Fragmentation
Extraire et déconvoluer des spectres de fragmentation individuels à partir de données de spectrométrie de masse composites pour l'annotation en métabolomique et exposomique.
Génération de rapports QC de métabolomique
Automatise l'exportation des résultats de contrôle qualité de métabolomique LC-MS vers des graphiques prêts pour la publication, des rapports HTML et des tableaux de données.
Assurance Qualité Spectrale en Protéomique
Validez les données de spectrométrie de masse Orbitrap en vérifiant les métadonnées de l'instrument et en quantifiant les rapports signal sur bruit des ions fragments.
Organisation des Métadonnées de Réseau Moléculaire GNPS
Récupère, extrait et standardise les archives de jobs de réseautage moléculaire GNPS pour l'intégration NPLinker.
Imputation de Table de Caractéristiques Métabolomiques
Remplace les valeurs zéro et manquantes dans les tables de caractéristiques métabolomiques LC-MS en utilisant une interpolation basée sur la valeur minimale.
Codage et décodage de vecteurs de gradient LC
Convertit les paramètres de gradient LC en vecteurs numériques normalisés pour l'optimisation bayésienne et la régression GP.
Seq Wrangler
Sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing pipeline helper — wraps FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2, and SAMtools for automated re
ToolUniverse Gateway
Unified agent gateway to 1000+ scientific tools (bioinformatics, drug discovery, genomics) via Harvard's ToolUniverse, returning JSON for downstream workflows.
arXiv Paper Search & Download
Search arXiv, fetch paper metadata, download PDFs, and produce concise summaries for academic papers (ID or query).
MatchMS (mass spectrometry processing)
Mass spectrometry data processing: import/export mzML/MGF/MSP, filter and normalize spectra, compute spectral similarity (cosine/modified cosine), and build rep
Symbol — Policy Tagging / Semantic Marker
Define and apply named policy 'symbols' (machine-readable tags) that trigger enforcement actions like audit logging, throttling or compliance gates when conditi
Marmot Data Catalog
Search and manage data assets, view lineage and glossary terms, and inspect pipeline runs via the Marmot CLI, REST API, or MCP server.
OSINT Investigator
Comprehensive OSINT playbook for agents: generates dorks, runs recon, builds timelines, analyzes metadata, and produces structured intelligence reports while re
matchms — Mass Spectrometry Processing
Python library skill for importing, filtering, and comparing mass spectra (mzML/MGF/MSP); builds reproducible preprocessing pipelines and computes spectral simi