MCP App StoreMCP App Store
Identifie et valide l'espacement des échantillons QCpool dans les exports de métabolomique/lipidomique Sciex Multiquant.
Cette compétence automatise la détection et l'annotation des échantillons de pool de contrôle qualité (QCpool) au sein des séquences analytiques de spectrométrie de masse. Elle transforme les exports TXT bruts de Sciex Multiquant en métadonnées structurées, garantissant que les échantillons QC ont été injectés aux intervalles corrects, conformément au plan de l'étude.
Utilisez cette compétence lors du traitement de fichiers TXT Sciex Multiquant (>v3.0.3) pour des études de métabolomique ou de lipidomique où vous devez vérifier la stabilité temporelle du run analytique via la distribution des échantillons QCpool.
Agents d'IA scientifiques prenant en charge les instructions de compétences basées sur markdown, généralement utilisés dans des pipelines de bioinformatique ou de chiminformatique (ex. Claude Code, harnais d'agents scientifiques personnalisés).
Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.
Seq Wrangler
Sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing pipeline helper — wraps FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2, and SAMtools for automated re
ToolUniverse Gateway
Unified agent gateway to 1000+ scientific tools (bioinformatics, drug discovery, genomics) via Harvard's ToolUniverse, returning JSON for downstream workflows.
MatchMS (mass spectrometry processing)
Mass spectrometry data processing: import/export mzML/MGF/MSP, filter and normalize spectra, compute spectral similarity (cosine/modified cosine), and build rep
matchms — Mass Spectrometry Processing
Python library skill for importing, filtering, and comparing mass spectra (mzML/MGF/MSP); builds reproducible preprocessing pipelines and computes spectral simi
MatchMS — Mass Spectrometry Utilities
Import, process and compare mass spectrometry spectra (mzML/MGF/MSP) with filters, similarity metrics and reproducible pipelines for metabolomics workflows.
KEGG Pathway Enrichment (clusterProfiler)
Run KEGG pathway and module enrichment using clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) to find metabolic and signaling pathways over-represented in a gene list.
Network Toxicology & Docking Research Planner
Generates four-tier network toxicology + molecular docking study designs (Lite → Publication+) with step-by-step workflows, validation strategies, figure plans,
Bizard — Biomedical Visualization Atlas
A comprehensive atlas of biomedical data visualization tutorials and examples (R/Python/Julia) that provides reproducible code and guidance for plots used in bi