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Exécute l'enrichissement des voies et modules KEGG via clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) pour identifier les voies métaboliques et de signalisation sur-représentées dans une liste de gènes.
Effectue une analyse de sur-représentation des voies et modules KEGG en utilisant le package R clusterProfiler. Il montre comment préparer les listes de gènes Entrez, convertir les identifiants, exécuter enrichKEGG/enrichMKEGG, définir un univers de fond approprié et exporter des résultats lisibles ainsi que des images de voies.
Utilisez cette compétence lorsque vous disposez d'une liste de gènes significatifs (par exemple, issus d'une expression différentielle) et que vous souhaitez identifier les voies ou modules KEGG enrichis dans cette liste chez l'humain, les organismes modèles ou de nombreux procaryotes. Utile également pour comparer l'enrichissement entre des groupes ou préparer des visualisations de voies.
Probablement utilisé par des agents pouvant exécuter du R ou fournir des conseils et du code R (Claude Code, agents de type Codex/Copilot avec support R).
Compétence uniquement documentaire pour l'enrichissement des voies KEGG utilisant clusterProfiler dans R. Aucun script à exécuter. Bien structurée avec des exemples de code clairs, des avertissements de compatibilité de version et des points d'attention pratiques comme la spécification de l'univers de fond et l'absence de paramètre readable dans enrichKEGG. Couvre les flux de travail eucaryotes et procaryotes.
Compétence documentaire propre sans code exécutable. Bonne couverture des pièges courants comme l'inflation de l'univers de fond et les considérations de licence KEGG.
