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de bioskills860
Détecte les blocs de gènes synténiques et les réarrangements structurels entre génomes à l'aide de MCScanX, JCVI, GENESPACE, SyRI, AnchorWave et d'outils connexes ; conseils sur le pipeline.
Fournit un flux de travail pratique, orienté publication, pour détecter les blocs synténiques et les réarrangements structurels entre génomes. La compétence explique quels outils utiliser (MCScanX/JCVI pour la colinéarité, GENESPACE pour la synténie ancrée sur l'orthologie multi-génomes de plantes, SyRI/plotsr pour les variants structurels, AnchorWave pour l'alignement conscient du WGD), des exemples de commandes concrètes et des vérifications de post-traitement (masquage des répétitions, BUSCO, datation Ks). Elle inclut les modes d'échec par outil et des seuils quantitatifs pour des résultats fiables.
Utilisez cette compétence lorsque vous devez comparer les architectures génomiques entre espèces, identifier des inversions/translocations/duplications, construire des visualisations ripariennes/pan-géniques pour les plantes, ou effectuer une inférence d'orthologues consciente de la synténie dans les lignées polyploïdes. Elle s'applique aux analyses de publication, au contrôle qualité des assemblages avant le travail comparatif et à la génération de figures (dotplots, tracés ripariens, cartes SV).
Cette compétence est axée sur la documentation et indépendante des outils ; elle s'adresse aux environnements Linux/conda invoquant des outils CLI et des pipelines Python/R (convient aux agents pouvant exécuter des commandes shell/python/R ou invoquer des outils MCP qui encapsulent ces outils bioinformatiques).
Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.
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