Compétences d'agent

Base de données ClinVar (AlterLab)

alterlab-academic-skills

Recherchez et interprétez les données de variants de NCBI ClinVar, accédez-y via E-utilities ou FTP, annotez les VCF et intégrez les meilleures pratiques de statut de révision et de preuves pour la génotypage.

BioMCP

biomcp

Boîte à outils orientée CLI pour découvrir et récupérer des entités biomédicales (gènes, variants, médicaments, essais, diagnostics, articles) et exécuter des flux de travail structurés de littérature et de données.

ToolUniverse Gateway

scienceclaw

Passerelle d'agent unifiée vers plus de 1000 outils scientifiques (bio-informatique, découverte de médicaments, génomique) via ToolUniverse de Harvard, retournant du JSON pour les flux de travail en aval.

Pipeline d'Analyse d'Épissage Alternatif

awesome-bio-agent-skills

Pipeline de bout en bout pour l'analyse de l'épissage alternatif par RNA-seq bulk à lectures courtes : QC, alignement STAR en 2 passes, QC des jonctions, épissage différentiel rMATS, commutation d'isoformes.

Appel de Méthylation Bismark

openclaw-medical-skills

Extrait les appels de méthylation par cytosine (CpG/CHG/CHH) à partir de BAMs alignés par Bismark et produit des rapports bedGraph/couverture pour l'analyse en aval.

Détection de TAD Hi-C

openclaw-medical-skills

Identifie les domaines d'association topologique (TADs) à partir de matrices de contact Hi-C via les scores d'isolation et HiCExplorer ; génère les frontières et les intervalles de TAD pour les analyses en aval.

Bases de PLINK

awesome-bio-agent-skills

Commandes et exemples pour convertir les formats de génotypes et exécuter les filtres QC standards (MAF, geno, mind, HWE) avec PLINK 1.9/2.0.

Polars-Bio

awesome-omni-skill

Traitement de données génomiques haute performance avec polars-bio et Polars : gestion streaming VCF/FASTA/BED, jointures d'intervalles, annotation de variantes et conversion Parquet

GWAS Catalog Database

claude-code-templates

Interrogez le catalogue GWAS de NHGRI-EBI pour les associations SNP-trait, la recherche de variants, la recherche de traits et les statistiques sommaires pour l'épidémiologie génétique et les travaux de PRS.

Analyse Phylogénétique

auto-college

Construisez et analysez des arbres évolutifs à l'aide de MAFFT, IQ-TREE 2 et FastTree avec une visualisation via ETE3.

Analyse des Dépendances Cancer DepMap

alterlab-academic-skills

Interrogez la Cancer Dependency Map (DepMap) pour obtenir des scores de dépendance génique, la sensibilité aux médicaments et les vulnérabilités génétiques spécifiques au cancer.

Analyse de Métagénomique Shotgun

Bioclaw Skills Hub

Flux de travail complet de métagénomique shotgun incluant le QC d'épuisement de l'hôte, le profilage taxonomique, l'analyse fonctionnelle et les résumés AMR.

Accès à la base de données COSMIC Cancer

LunarTech-X Superpowers

Accès programmatique au Catalogue des Mutations Somatiques dans le Cancer (COSMIC) pour la génomique du cancer et la recherche en oncologie de précision.

Génomique Comparative — Analyse de Synténie

bioskills

Détecte les blocs de gènes synténiques et les réarrangements structurels entre génomes à l'aide de MCScanX, JCVI, GENESPACE, SyRI, AnchorWave et d'outils connexes ; conseils sur le pipeline.

Analyse de Qualité FASTQ

operon

Analysez, filtrez et trimmez les scores de qualité des lectures de séquences FASTQ à l'aide de Biopython pour garantir des données génomiques de haute qualité.

Base de données Ensembl

kosmos

Accédez et interrogez l'API REST d'Ensembl pour la recherche de gènes, la récupération de séquences, l'annotation de variantes (VEP), les orthologues et la génomique comparative pour plus de 250 espèces.

Détection de SV Génomiques

omicsclaw

Résume les variants structurels à partir d'un VCF SV : comptages par type, classification par taille et gestion basique des BND pour DEL/DUP/INV/TRA/INS.