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de awesome-omni-skill45
Traitement de données génomiques haute performance avec polars-bio et Polars : gestion streaming VCF/FASTA/BED, jointures d'intervalles, annotation de variantes et conversion Parquet
Polars-Bio fournit des modèles et des exemples pour le traitement de données génomiques à grande échelle en utilisant polars-bio et Polars. Il se concentre sur le streaming et l'évaluation paresseuse (lazy evaluation) pour gérer des fichiers plus grands que la mémoire vive, couvrant l'analyse de fichiers VCF et leur conversion en Parquet, des jointures d'intervalles/chevauchements haute performance pour les requêtes de régions, l'analyse de séquences FASTA (teneur en GC, longueurs) et l'annotation de variantes via des point-joins vers des jeux de données externes.
Utilisez cette compétence lorsque vous devez traiter des données de variantes génomiques (VCF), effectuer des jointures basées sur des intervalles avec des régions de type BED, convertir des données génomiques en Parquet colonnaire pour des analyses en aval, ou calculer des métriques au niveau de la séquence sur des fichiers FASTA. Elle est adaptée aux pipelines de bioinformatique qui doivent rester économes en mémoire.
Idéal pour les agents capables d'exécuter du code Python ou d'orchestrer des workers Python (Jupyter, Copilot, Claude Code, exécuteurs Python locaux).
Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.
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