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Pipeline de bout en bout pour l'analyse de l'épissage alternatif par RNA-seq bulk à lectures courtes : QC, alignement STAR en 2 passes, QC des jonctions, épissage différentiel rMATS, commutation d'isoformes.
Fournit un workflow complet pour analyser l'épissage alternatif, depuis les fichiers FASTQ bruts jusqu'aux résultats d'épissage différentiel dans des expériences de RNA-seq bulk à lectures courtes. La compétence documente les étapes de QC (fastp), l'alignement STAR en 2 passes, le contrôle qualité des jonctions, l'épissage différentiel avec rMATS-turbo, les analyses optionnelles de commutation d'isoformes (IsoformSwitchAnalyzeR) et la génération de graphiques sashimi pour la visualisation.
À utiliser lorsque vous disposez de données RNA-seq à lectures courtes de type cohorte et que vous devez détecter l'épissage différentiel entre deux groupes, effectuer un QC sur la détection des jonctions ou générer des visualisations d'événements d'épissage prêtes pour la publication. Non adapté pour la détection d'outliers de maladies rares sur un échantillon unique, les workflows de prédiction de variants d'épissage ou l'analyse d'isoformes complètes à lectures longues.
Agents capables d'orchestrer des workflows bioinformatiques de longue durée ou de produire des commandes shell et des scripts (par exemple, des agents avec support de soumission shell/cluster, ou capables de générer des pipelines reproductibles).
Documentation-only skill for bulk RNA-seq alternative splicing analysis (STAR 2-pass + rMATS-turbo + IsoformSwitchAnalyzeR). No bundled scripts. SKILL.md is thorough with clear pipeline steps, variant routing table, and code examples. Minor code quality issues like inline __import__('numpy') and truncated complete pipeline script. Niche bioinformatics audience with heavy dependency requirements.
Clean reference skill with no security concerns. Good domain coverage with clear routing to related skills for different analysis regimes. Architecture could improve by separating code examples into scripts/ directory.
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