DnaSP (ClawBio)

Ce que cela fait

DnaSP réimplémente la suite d'analyses DnaSP 6 en tant que compétence ClawBio : elle construit et exécute des analyses de génétique des populations (polymorphisme, tests de neutralité, LD, recombinaison, divergence, MK, Ka/Ks, usage des codons, SFS) à partir d'entrées FASTA/NEXUS et génère des rapports et des figures TSV et Markdown reproductibles. Les calculs intensifs sont effectués par les scripts Python inclus ; l'agent interprète les résultats et explique leur signification.

Quand l'utiliser

Utilisez cette compétence lorsque vous avez besoin de statistiques sommaires ou de tests de génétique des populations sur des données de séquences alignées — par exemple, la diversité nucléotidique, le D de Tajima, les mesures de LD, la recombinaison Rm, la divergence (Dxy/Da), les tests de McDonald–Kreitman, Ka/Ks ou les métriques d'utilisation des codons. Non destiné à la construction d'arbres phylogénétiques ou à l'annotation VCF.

Ce qui est inclus

• Scripts : CLI dnasp.py, jeu de données de démonstration, aides à la reproductibilité (has_scripts: true)
• Références : documentation complète, dérivations d'algorithmes et guide d'interprétation (has_references: true)
• Instructions : arbre de décision d'intention, protocole de clarification, exemples de CLI, structure de sortie et guide d'interprétation.

Agents compatibles

Fonctionne avec les agents capables d'exécuter des scripts Python locaux et de présenter des sorties sous forme de tableaux ou de figures. L'agent ne doit pas inventer de statistiques — il doit faire confiance et expliquer les sorties de dnasp.py.