Base de données Ensembl

Ce que fait cette compétence

Fournit une interface structurée et des conseils pour interroger l'API REST du génome Ensembl. Cette compétence décrit les opérations courantes telles que la récupération de séquences de gènes, de transcrits et de protéines, l'exécution de requêtes Variant Effect Predictor (VEP), la recherche d'orthologues/paralogues et la mise en correspondance de coordonnées entre les assemblages. Elle inclut des exemples utilisant une bibliothèque d'aide Python et des requêtes REST directes, ainsi que des scripts et des documents de référence inclus dans le dépôt.

Quand l'utiliser

À utiliser lors de la récupération ou de l'analyse de données génomiques : pipelines d'annotation de gènes, prédiction des conséquences des variantes, génomique comparative, récupération de séquences pour analyse en aval, ou conversion de coordonnées entre les assemblages (GRCh37/GRCh38). Approprié pour les chercheurs, les bioinformaticiens et les pipelines de données nécessitant un accès programmatique à Ensembl.

Ce qui est inclus

• Scripts : fournis dans le dépôt (ex: ensembl_query.py) pour les requêtes courantes avec gestion des limites de débit et des tentatives de reconnexion.
• Références : un fichier de référence api_endpoints.md listant les points de terminaison et les paramètres est présent.
• Instructions : exemples pour Python (ensembl_rest) et utilisation REST directe, notes sur les meilleures pratiques concernant les limites de débit et la mise en cache, recettes de flux de travail pour l'annotation et l'analyse de variantes.

Agents compatibles

Idéalement utilisé avec des assistants capables de coder qui peuvent exécuter ou générer des scripts Python et des appels API (Claude Code, Codex, Copilot).