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de openclaw-medical-skills2,096
Extrait les appels de méthylation par cytosine (CpG/CHG/CHH) à partir de BAMs alignés par Bismark et produit des rapports bedGraph/couverture pour l'analyse en aval.
Cette compétence documente la manière d'exécuter bismark_methylation_extractor et les outils associés pour produire des appels de méthylation par cytosine et des fichiers de couverture à partir d'entrées BAM alignées par Bismark. Elle couvre l'extraction en simple et double brin, les flags courants (gzip, bedGraph, cyotosine_report), les options pour gérer les lectures chevauchantes, l'extraction parallèle, l'analyse du biais M et les conversions en aval (bedGraph → BigWig). Des exemples et des explications sur les paramètres courants sont fournis afin que les utilisateurs puissent générer des rapports CpG/CHG/CHH à l'échelle du génome adaptés à la visualisation et aux outils en aval comme methylKit.
Utilisez cette compétence lorsque vous avez des alignements de séquençage au bisulfite produits par Bismark et que vous devez extraire des métriques de méthylation pour une analyse par site, un contrôle qualité (biais M), une visualisation dans des navigateurs de génome ou une entrée dans des pipelines de méthylation différentielle. Elle est destinée aux bioinformaticiens préparant des fichiers de couverture/bedGraph et des rapports CpG pour l'analyse ou l'archivage.
Agents axés sur la CLI et exécuteurs d'automatisation bioinformatique (agents activés Shell/CLI, Codex/Gemini pour la documentation). Les conseils sont agnostiques vis-à-vis de la plateforme et adaptés à l'automatisation dans des pipelines ou des exécutions interactives.
Compétence d'appel de méthylation Bismark fournissant une référence CLI pour bismark_methylation_extractor avec des options pour les contextes CpG/CHG/CHH, la sortie bedGraph/coverage et la correction de biais. Aucun script inclus — SKILL.md purement instructionnel. Bien organisé avec des exemples progressifs du basique à l'avancé, des tableaux de paramètres et des descriptions de format de sortie. Aucune préoccupation de sécurité.
Compétence bioinformatique propre et spécialisée. Aucun script à auditer. Style purement référence/documentation — utile comme aide-mémoire mais valeur d'automatisation limitée.
Seq Wrangler
Sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing pipeline helper — wraps FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2, and SAMtools for automated re
ToolUniverse Gateway
Unified agent gateway to 1000+ scientific tools (bioinformatics, drug discovery, genomics) via Harvard's ToolUniverse, returning JSON for downstream workflows.
MatchMS (mass spectrometry processing)
Mass spectrometry data processing: import/export mzML/MGF/MSP, filter and normalize spectra, compute spectral similarity (cosine/modified cosine), and build rep
Agent Ops — Testing Workflow
Guidance for designing, running, and analyzing test suites for agents: test isolation, execution patterns, and coverage-based enforcement.
MatchMS — Mass Spectrometry Utilities
Import, process and compare mass spectrometry spectra (mzML/MGF/MSP) with filters, similarity metrics and reproducible pipelines for metabolomics workflows.
KEGG Pathway Enrichment (clusterProfiler)
Run KEGG pathway and module enrichment using clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) to find metabolic and signaling pathways over-represented in a gene list.
Test Orchestrator Skill
QA orchestration skill: defines test strategy, assigns unit/integration/E2E suites, enforces coverage thresholds, and coordinates CI test execution.
Network Toxicology & Docking Research Planner
Generates four-tier network toxicology + molecular docking study designs (Lite → Publication+) with step-by-step workflows, validation strategies, figure plans,