Détection de TAD Hi-C

Ce que fait ce skill

Fournit des modèles étape par étape et des exemples de code pour détecter les domaines d'association topologique (TADs) à partir de matrices de contact Hi-C. Il explique comment calculer les scores d'isolation (via cooltools), identifier les minima locaux comme frontières, convertir ces frontières en intervalles de TAD et exporter les résultats au format BED/bedGraph pour la visualisation et l'analyse en aval. Inclut des exemples en Python (cooler, cooltools, bioframe, matplotlib, pandas) ainsi que des modèles CLI pour HiCExplorer (hicFindTADs).

Quand l'utiliser

Utilisez ce skill lorsque vous disposez de matrices de contact Hi-C (fichiers cooler/.cool) et que vous devez identifier les frontières de domaines ou comparer la structure des TAD entre différentes conditions. Scénarios typiques : identification des frontières à plusieurs échelles, génération de pistes de scores d'isolation pour le traçage, exportation d'intervalles de TAD pour des analyses statistiques ou de chevauchement, ou production de figures sur l'isolation et la localisation des frontières.

Ce qui est inclus

• Scripts : aucun script groupé dans le dépôt du skill (les exemples se trouvent dans le corps du fichier SKILL.md).
• Références : aucune mentionnée dans les métadonnées récupérées.
• Instructions : extraits de code concrets pour calculer l'isolation avec cooltools, définir le seuil de force des frontières, convertir les frontières en intervalles de TAD, tracer les pistes d'isolation et exécuter hicFindTADs de HiCExplorer. Des conseils sur l'identification hiérarchique/multi-échelle des TAD et la comparaison des frontières entre conditions sont fournis.

Agents compatibles

Idéalement conçu pour les agents ou workflows capables d'exécuter des analyses de données en Python ou des commandes shell avec des outils bioinformatiques installés (agents de type Claude Code / Copilot pouvant exécuter du Python, ou opérateurs humains suivant les instructions).