BioMCP

Ce qu'il fait

BioMCP fournit une interface en ligne de commande et des guides de compétence pour résoudre des entités biomédicales (gènes, médicaments, maladies, variants), effectuer des recherches ciblées (articles, essais, diagnostics) et composer des flux de travail de collecte de preuves multi-étapes. Il mappe les modèles de questions courants à des commandes concrètes telles que discover, search article, get gene, et des pivots spécialisés pour les diagnostics, la sécurité des médicaments et les essais, et inclut des règles de routage et des conseils anti-patterns pour des recherches fiables et reproductibles.

Quand l'utiliser

Utilisez BioMCP lorsque vous avez besoin de faits biomédicaux structurés ou de littérature : résolution d'un identifiant de gène ou de maladie, récupération de la pathogénicité d'un variant, recherche d'essais cliniques ou d'informations sur la sécurité des médicaments, ou collecte d'un ensemble court d'articles révisés pour synthèse. Privilégiez-le pour les flux de travail bénéficiant de commandes CLI déterministes et pour la collecte de preuves multi-étapes reproductible.

Ce qui est inclus

• Scripts : Aucun listé dans les métadonnées du repo (has_scripts: false)
• Références : Aucun répertoire de références externes détecté (has_references: false), mais la compétence inclut des règles de routage détaillées, des exemples concrets et des modèles de commande.
• Instructions : Règles de routage étendues, références de sections, anti-patterns et exemples de commandes concrètes pour discover, search article, get gene, drug adverse-events, article batch et les flux de travail batch/entité.

Agents compatibles

Cette compétence est axée sur la CLI et adaptée aux agents pouvant exécuter des assistants shell/CLI ou invoquer des outils externes : intégrations de type Copilot/Codex, Claude Code/assistants de code pouvant exécuter ou synthétiser des commandes CLI, et tout agent capable d'appeler l'exécutable BioMCP.