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Interrogez la Cancer Dependency Map (DepMap) pour obtenir des scores de dépendance génique, la sensibilité aux médicaments et les vulnérabilités génétiques spécifiques au cancer.
query_depmap.py pour la récupération de données sans clé depuis Figshare.\n- Références : Mappages détaillés des fichiers de données DepMap (CRISPRGeneEffect, Model, etc.).\n- Instructions : Workflows Python complets pour le chargement de matrices, la recherche de dépendances sélectives et l'analyse de biomarqueurs.\n\n## Agents compatibles\nClaude Code, OpenClaw et tout agent basé sur un LLM capable d'exécuter du Python pour l'analyse de données.Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.
Conception de Recherche par Méthodes Mixtes
Guide complet pour concevoir et intégrer des approches de recherche qualitatives et quantitatives à l'aide de cadres académiques établis.
AlterLab Deep Research
Un pipeline de recherche composé de 13 agents, compatible PRISMA, qui gère le cadrage, la recherche documentaire systématique, la vérification, la synthèse, la méta-analyse et le reporting au style APA.
Base de données ClinVar (AlterLab)
Recherchez et interprétez les données de variants de NCBI ClinVar, accédez-y via E-utilities ou FTP, annotez les VCF et intégrez les meilleures pratiques de statut de révision et de preuves pour la génotypage.
AlterLab PyMC — Modélisation Bayésienne
Flux de travail de modélisation bayésienne utilisant PyMC (v5+) : construction de modèles hiérarchiques, exécution de l'inférence MCMC (NUTS) ou variationnelle, diagnostic d'échantillonnage et comparaison de modèles avec LOO
Recherche dans la base de données bioRxiv
Recherche et récupération de prépublications en sciences de la vie depuis bioRxiv via API.
Analyse Statistique Académique
Tests d'hypothèses guidés, vérification des postulats et rapports au format APA.
Analyse Géospatiale GeoPandas
Analyse spatiale avancée pour les données vectorielles, incluant la reprojection de coordonnées, les jointures spatiales et la cartographie choroplèthe via la bibliothèque GeoPandas.
Seq Wrangler
Sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing pipeline helper — wraps FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2, and SAMtools for automated re
ToolUniverse Gateway
Unified agent gateway to 1000+ scientific tools (bioinformatics, drug discovery, genomics) via Harvard's ToolUniverse, returning JSON for downstream workflows.
MatchMS (mass spectrometry processing)
Mass spectrometry data processing: import/export mzML/MGF/MSP, filter and normalize spectra, compute spectral similarity (cosine/modified cosine), and build rep
Precision Oncology Treatment Advisor
Evidence-graded guidance to translate tumor molecular profiles into prioritized treatment options, resistance analysis, and clinical trial matches using curated
KEGG Pathway Enrichment (clusterProfiler)
Run KEGG pathway and module enrichment using clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) to find metabolic and signaling pathways over-represented in a gene list.
Network Toxicology & Docking Research Planner
Generates four-tier network toxicology + molecular docking study designs (Lite → Publication+) with step-by-step workflows, validation strategies, figure plans,
Bizard — Biomedical Visualization Atlas
A comprehensive atlas of biomedical data visualization tutorials and examples (R/Python/Julia) that provides reproducible code and guidance for plots used in bi
Bismark Methylation Calling
Extract per-cytosine methylation calls (CpG/CHG/CHH) from Bismark-aligned BAMs and produce bedGraph/coverage reports for downstream analysis.