Analyse de Métagénomique Shotgun

Flux de travail complet de métagénomique shotgun incluant le QC d'épuisement de l'hôte, le profilage taxonomique, l'analyse fonctionnelle et les résumés AMR.

déclencheurs:shotgun metagenomicstaxonomic abundancefunctional profilingAMR follow-uphost depletion

GitHub SKILL.md

Ce qu'il fait

Cette compétence fournit un pipeline standardisé pour l'analyse de données métagénomiques shotgun. Elle guide l'agent à travers tout le processus, des fichiers FASTQ bruts aux tables de résultats de communauté reproductibles, garantissant des informations génomiques de haute qualité.

Quand l'utiliser

Utilisez cette compétence lors du traitement de données de métagénomique shotgun (par opposition au séquençage d'amplicon) pour déterminer l'abondance des espèces ou des genres, les profils de voies fonctionnelles ou les résumés de résistance aux antimicrobiens (AMR) sur plusieurs échantillons.

Ce qui est inclus

Références : Guides complets sur la sélection des bases de données, la revue de la contamination de l'hôte et les seuils de ligne de commande.
Instructions : Un flux de travail en 5 étapes impliquant le QC des lectures, l'épuisement de l'hôte, le profilage taxonomique (Kraken2/Bracken), le profilage fonctionnel (HUMAnN) et l'exportation prête pour la cohorte.
Outils : S'intègre avec fastp, kraken2, bracken, metaphlan et humann.

Agents compatibles

Conçu pour les agents disposant de capacités d'exécution de shell tels que Claude Code, Cursor ou OpenClaw.

Étiquettes

#bioinformatics #metagenomics #microbiome #genomics #taxonomic-profiling #amr #qc

Pas encore audité

Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.

Informations

Dépôt: Bioclaw Skills Hub
Étoiles: 23

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