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Chargez des checkpoints de modèles PyTorch pré-entraînés pour classer des molécules candidates ou analyser des spectres en métabolomique sans réentraînement.
Cette compétence permet à un agent d'effectuer une inférence gelée en utilisant des poids de réseaux neuronaux pré-entraînés. Elle est spécifiquement adaptée aux cas d'utilisation scientifiques, comme le classement de molécules candidates à l'aide des poids JESTR pour le jeu de données NPLIB1.
Utilisez cette compétence lorsque vous disposez d'un checkpoint PyTorch .pt ou .pth et que vous devez l'appliquer à un jeu de données cible pour le scoring ou le classement sans modifier les paramètres du modèle.
Adapté aux agents d'IA scientifique opérant dans des environnements compatibles GPU (Linux/CUDA) capables d'exécuter des scripts Python et de gérer des environnements conda.
Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.
Inspecteur de Workflow GitHub Actions
Vérifiez et reproduisez localement les workflows CI de GitHub Actions pour valider le statut des badges et l'intégrité du build.
Annotation de Séquence d'Injection
Identifie et valide l'espacement des échantillons QCpool dans les exports de métabolomique/lipidomique Sciex Multiquant.
Codage Positionnel pour Séquences Spectrales
Intègre des informations séquentielles dans les paires m/z-intensité du spectre de masse pour l'interprétation MS/MS basée sur les transformeurs dans IDSL_MINT.
Transformation et Collation de Champs d'Enregistrement
Transformez et collationnez des enregistrements tabulaires en dictionnaires JSON structurés à l'aide du mappage de champs, du filtrage et du regroupement pour les métadonnées scientifiques.
Extraction du Spectre de Fragmentation
Extraire et déconvoluer des spectres de fragmentation individuels à partir de données de spectrométrie de masse composites pour l'annotation en métabolomique et exposomique.
Génération de rapports QC de métabolomique
Automatise l'exportation des résultats de contrôle qualité de métabolomique LC-MS vers des graphiques prêts pour la publication, des rapports HTML et des tableaux de données.
Assurance Qualité Spectrale en Protéomique
Validez les données de spectrométrie de masse Orbitrap en vérifiant les métadonnées de l'instrument et en quantifiant les rapports signal sur bruit des ions fragments.
Organisation des Métadonnées de Réseau Moléculaire GNPS
Récupère, extrait et standardise les archives de jobs de réseautage moléculaire GNPS pour l'intégration NPLinker.
Imputation de Table de Caractéristiques Métabolomiques
Remplace les valeurs zéro et manquantes dans les tables de caractéristiques métabolomiques LC-MS en utilisant une interpolation basée sur la valeur minimale.
Codage et décodage de vecteurs de gradient LC
Convertit les paramètres de gradient LC en vecteurs numériques normalisés pour l'optimisation bayésienne et la régression GP.
Seq Wrangler
Sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing pipeline helper — wraps FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2, and SAMtools for automated re
ToolUniverse Gateway
Unified agent gateway to 1000+ scientific tools (bioinformatics, drug discovery, genomics) via Harvard's ToolUniverse, returning JSON for downstream workflows.
MatchMS (mass spectrometry processing)
Mass spectrometry data processing: import/export mzML/MGF/MSP, filter and normalize spectra, compute spectral similarity (cosine/modified cosine), and build rep
QwenCloud Model Selector
Advisory skill that recommends the best QwenCloud model and parameters for a task, balancing quality, speed, and cost.
Terradev — Cross‑Cloud GPU Provisioning
Provision and manage GPUs across clouds, create GPU Kubernetes clusters, deploy inference endpoints, and burst local compute to cloud with BYOAPI credential saf
matchms — Mass Spectrometry Processing
Python library skill for importing, filtering, and comparing mass spectra (mzML/MGF/MSP); builds reproducible preprocessing pipelines and computes spectral simi
MatchMS — Mass Spectrometry Utilities
Import, process and compare mass spectrometry spectra (mzML/MGF/MSP) with filters, similarity metrics and reproducible pipelines for metabolomics workflows.
KEGG Pathway Enrichment (clusterProfiler)
Run KEGG pathway and module enrichment using clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) to find metabolic and signaling pathways over-represented in a gene list.