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Validez les données de spectrométrie de masse Orbitrap en vérifiant les métadonnées de l'instrument et en quantifiant les rapports signal sur bruit des ions fragments.
Cette compétence fournit un protocole rigoureux pour la validation des données spectrales brutes de spectrométrie de masse Orbitrap. Elle garantit que l'instrument a fonctionné selon les paramètres attendus (pouvoir de résolution, temps d'injection AGC) et que les ions fragments de peptides observés sont significativement au-dessus du bruit de fond.
Appliquez cette compétence lorsque vous avez extrait un scan Orbitrap brut d'un fichier .raw et que vous devez vérifier la qualité spectrale avant de passer aux flux d'identification ou de quantification des peptides.
rawrr afin d'extraire les métadonnées et de calculer les rapports signal sur bruit pour des fragments de peptides spécifiques.Agents d'IA scientifiques ayant accès aux environnements R et au package rawrr, particulièrement ceux travaillant en bio-informatique ou en protéomique.
Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.
Inspecteur de Workflow GitHub Actions
Vérifiez et reproduisez localement les workflows CI de GitHub Actions pour valider le statut des badges et l'intégrité du build.
Annotation de Séquence d'Injection
Identifie et valide l'espacement des échantillons QCpool dans les exports de métabolomique/lipidomique Sciex Multiquant.
Chargeur de poids pré-entraînés PyTorch
Chargez des checkpoints de modèles PyTorch pré-entraînés pour classer des molécules candidates ou analyser des spectres en métabolomique sans réentraînement.
Codage Positionnel pour Séquences Spectrales
Intègre des informations séquentielles dans les paires m/z-intensité du spectre de masse pour l'interprétation MS/MS basée sur les transformeurs dans IDSL_MINT.
Transformation et Collation de Champs d'Enregistrement
Transformez et collationnez des enregistrements tabulaires en dictionnaires JSON structurés à l'aide du mappage de champs, du filtrage et du regroupement pour les métadonnées scientifiques.
Extraction du Spectre de Fragmentation
Extraire et déconvoluer des spectres de fragmentation individuels à partir de données de spectrométrie de masse composites pour l'annotation en métabolomique et exposomique.
Génération de rapports QC de métabolomique
Automatise l'exportation des résultats de contrôle qualité de métabolomique LC-MS vers des graphiques prêts pour la publication, des rapports HTML et des tableaux de données.
Organisation des Métadonnées de Réseau Moléculaire GNPS
Récupère, extrait et standardise les archives de jobs de réseautage moléculaire GNPS pour l'intégration NPLinker.
Imputation de Table de Caractéristiques Métabolomiques
Remplace les valeurs zéro et manquantes dans les tables de caractéristiques métabolomiques LC-MS en utilisant une interpolation basée sur la valeur minimale.
Codage et décodage de vecteurs de gradient LC
Convertit les paramètres de gradient LC en vecteurs numériques normalisés pour l'optimisation bayésienne et la régression GP.
Seq Wrangler
Sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing pipeline helper — wraps FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2, and SAMtools for automated re
ToolUniverse Gateway
Unified agent gateway to 1000+ scientific tools (bioinformatics, drug discovery, genomics) via Harvard's ToolUniverse, returning JSON for downstream workflows.
CTX Link Check — Documentation Link Auditor
Scan project markdown for broken internal links, missing images, and unreachable external URLs; produce a clear report and suggested fixes before docs releases.
MatchMS (mass spectrometry processing)
Mass spectrometry data processing: import/export mzML/MGF/MSP, filter and normalize spectra, compute spectral similarity (cosine/modified cosine), and build rep
Skill Evolve
Iteratively improve an existing Agent Skill by observing real outputs, extracting recurring failure patterns, and applying small, verifiable fixes (OTF + JIT +
matchms — Mass Spectrometry Processing
Python library skill for importing, filtering, and comparing mass spectra (mzML/MGF/MSP); builds reproducible preprocessing pipelines and computes spectral simi
MatchMS — Mass Spectrometry Utilities
Import, process and compare mass spectrometry spectra (mzML/MGF/MSP) with filters, similarity metrics and reproducible pipelines for metabolomics workflows.
KEGG Pathway Enrichment (clusterProfiler)
Run KEGG pathway and module enrichment using clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) to find metabolic and signaling pathways over-represented in a gene list.