MCP App StoreMCP App Store
Intègre des informations séquentielles dans les paires m/z-intensité du spectre de masse pour l'interprétation MS/MS basée sur les transformeurs dans IDSL_MINT.
Cette compétence implémente le codage positionnel pour intégrer des informations ordinales et séquentielles dans les données de spectre de masse. Cela permet aux couches de self-attention des transformeurs de distinguer la position des pics dans un spectre, ce qui est crucial pour une interprétation précise du MS/MS.
Utilisez cette compétence spécifiquement lors de la préparation des tenseurs d'entrée de spectre de masse pour les couches d'encodeur de transformeurs au sein du framework IDSL_MINT. Elle doit être appliquée après la vectorisation des caractéristiques m/z et d'intensité, mais avant les blocs de self-attention multi-têtes.
Agents d'IA scientifique équipés de PyTorch et RDKit, spécifiquement ceux ciblant la recherche en bio-informatique, chemo-informatique et métabolomique.
Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.
Inspecteur de Workflow GitHub Actions
Vérifiez et reproduisez localement les workflows CI de GitHub Actions pour valider le statut des badges et l'intégrité du build.
Annotation de Séquence d'Injection
Identifie et valide l'espacement des échantillons QCpool dans les exports de métabolomique/lipidomique Sciex Multiquant.
Chargeur de poids pré-entraînés PyTorch
Chargez des checkpoints de modèles PyTorch pré-entraînés pour classer des molécules candidates ou analyser des spectres en métabolomique sans réentraînement.
Transformation et Collation de Champs d'Enregistrement
Transformez et collationnez des enregistrements tabulaires en dictionnaires JSON structurés à l'aide du mappage de champs, du filtrage et du regroupement pour les métadonnées scientifiques.
Extraction du Spectre de Fragmentation
Extraire et déconvoluer des spectres de fragmentation individuels à partir de données de spectrométrie de masse composites pour l'annotation en métabolomique et exposomique.
Génération de rapports QC de métabolomique
Automatise l'exportation des résultats de contrôle qualité de métabolomique LC-MS vers des graphiques prêts pour la publication, des rapports HTML et des tableaux de données.
Assurance Qualité Spectrale en Protéomique
Validez les données de spectrométrie de masse Orbitrap en vérifiant les métadonnées de l'instrument et en quantifiant les rapports signal sur bruit des ions fragments.
Organisation des Métadonnées de Réseau Moléculaire GNPS
Récupère, extrait et standardise les archives de jobs de réseautage moléculaire GNPS pour l'intégration NPLinker.
Imputation de Table de Caractéristiques Métabolomiques
Remplace les valeurs zéro et manquantes dans les tables de caractéristiques métabolomiques LC-MS en utilisant une interpolation basée sur la valeur minimale.
Codage et décodage de vecteurs de gradient LC
Convertit les paramètres de gradient LC en vecteurs numériques normalisés pour l'optimisation bayésienne et la régression GP.
Seq Wrangler
Sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing pipeline helper — wraps FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2, and SAMtools for automated re
ToolUniverse Gateway
Unified agent gateway to 1000+ scientific tools (bioinformatics, drug discovery, genomics) via Harvard's ToolUniverse, returning JSON for downstream workflows.
MatchMS (mass spectrometry processing)
Mass spectrometry data processing: import/export mzML/MGF/MSP, filter and normalize spectra, compute spectral similarity (cosine/modified cosine), and build rep
matchms — Mass Spectrometry Processing
Python library skill for importing, filtering, and comparing mass spectra (mzML/MGF/MSP); builds reproducible preprocessing pipelines and computes spectral simi
MatchMS — Mass Spectrometry Utilities
Import, process and compare mass spectrometry spectra (mzML/MGF/MSP) with filters, similarity metrics and reproducible pipelines for metabolomics workflows.
KEGG Pathway Enrichment (clusterProfiler)
Run KEGG pathway and module enrichment using clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) to find metabolic and signaling pathways over-represented in a gene list.
Network Toxicology & Docking Research Planner
Generates four-tier network toxicology + molecular docking study designs (Lite → Publication+) with step-by-step workflows, validation strategies, figure plans,
Bizard — Biomedical Visualization Atlas
A comprehensive atlas of biomedical data visualization tutorials and examples (R/Python/Julia) that provides reproducible code and guidance for plots used in bi