MCP App StoreMCP App Store
Résout les lacunes métaboliques dans les reconstructions de consensus individuelles en exploitant le contexte partagé au sein de communautés microbiennes ou végétales multi-membres.
Cette compétence permet à l'agent d'identifier et de combler les lacunes métaboliques dans les reconstructions de consensus des membres d'une communauté (par exemple, le microbiote associé aux plantes). Au lieu de combler les lacunes de manière isolée, elle utilise le contexte métabolique partagé, les exigences d'échanges entre membres et les dépendances de voies de l'ensemble de la communauté pour proposer des réactions réalisables.
Utilisez cette compétence lorsque vous disposez de modèles métaboliques de consensus pour tous les membres d'une communauté microbienne ou végétale et que vous devez résoudre des lacunes qui ne peuvent être traitées par les seules données d'un organisme unique.
Agents d'IA scientifique capables d'exécuter des pipelines de bio-informatique ou d'interagir avec l'ensemble d'outils COMMIT via CLI ou API.
Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.
Inspecteur de Workflow GitHub Actions
Vérifiez et reproduisez localement les workflows CI de GitHub Actions pour valider le statut des badges et l'intégrité du build.
Annotation de Séquence d'Injection
Identifie et valide l'espacement des échantillons QCpool dans les exports de métabolomique/lipidomique Sciex Multiquant.
Chargeur de poids pré-entraînés PyTorch
Chargez des checkpoints de modèles PyTorch pré-entraînés pour classer des molécules candidates ou analyser des spectres en métabolomique sans réentraînement.
Codage Positionnel pour Séquences Spectrales
Intègre des informations séquentielles dans les paires m/z-intensité du spectre de masse pour l'interprétation MS/MS basée sur les transformeurs dans IDSL_MINT.
Transformation et Collation de Champs d'Enregistrement
Transformez et collationnez des enregistrements tabulaires en dictionnaires JSON structurés à l'aide du mappage de champs, du filtrage et du regroupement pour les métadonnées scientifiques.
Extraction du Spectre de Fragmentation
Extraire et déconvoluer des spectres de fragmentation individuels à partir de données de spectrométrie de masse composites pour l'annotation en métabolomique et exposomique.
Génération de rapports QC de métabolomique
Automatise l'exportation des résultats de contrôle qualité de métabolomique LC-MS vers des graphiques prêts pour la publication, des rapports HTML et des tableaux de données.
Assurance Qualité Spectrale en Protéomique
Validez les données de spectrométrie de masse Orbitrap en vérifiant les métadonnées de l'instrument et en quantifiant les rapports signal sur bruit des ions fragments.
Organisation des Métadonnées de Réseau Moléculaire GNPS
Récupère, extrait et standardise les archives de jobs de réseautage moléculaire GNPS pour l'intégration NPLinker.
Imputation de Table de Caractéristiques Métabolomiques
Remplace les valeurs zéro et manquantes dans les tables de caractéristiques métabolomiques LC-MS en utilisant une interpolation basée sur la valeur minimale.
Seq Wrangler
Sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing pipeline helper — wraps FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2, and SAMtools for automated re
ToolUniverse Gateway
Unified agent gateway to 1000+ scientific tools (bioinformatics, drug discovery, genomics) via Harvard's ToolUniverse, returning JSON for downstream workflows.
MatchMS (mass spectrometry processing)
Mass spectrometry data processing: import/export mzML/MGF/MSP, filter and normalize spectra, compute spectral similarity (cosine/modified cosine), and build rep
matchms — Mass Spectrometry Processing
Python library skill for importing, filtering, and comparing mass spectra (mzML/MGF/MSP); builds reproducible preprocessing pipelines and computes spectral simi
MatchMS — Mass Spectrometry Utilities
Import, process and compare mass spectrometry spectra (mzML/MGF/MSP) with filters, similarity metrics and reproducible pipelines for metabolomics workflows.
KEGG Pathway Enrichment (clusterProfiler)
Run KEGG pathway and module enrichment using clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) to find metabolic and signaling pathways over-represented in a gene list.
Network Toxicology & Docking Research Planner
Generates four-tier network toxicology + molecular docking study designs (Lite → Publication+) with step-by-step workflows, validation strategies, figure plans,
Bizard — Biomedical Visualization Atlas
A comprehensive atlas of biomedical data visualization tutorials and examples (R/Python/Julia) that provides reproducible code and guidance for plots used in bi