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de biomcp509
Boîte à outils orientée CLI pour découvrir et récupérer des entités biomédicales (gènes, variants, médicaments, essais, diagnostics, articles) et exécuter des flux de travail structurés de littérature et de données.
BioMCP fournit une interface en ligne de commande et des guides de compétence pour résoudre des entités biomédicales (gènes, médicaments, maladies, variants), effectuer des recherches ciblées (articles, essais, diagnostics) et composer des flux de travail de collecte de preuves multi-étapes. Il mappe les modèles de questions courants à des commandes concrètes telles que discover, search article, get gene, et des pivots spécialisés pour les diagnostics, la sécurité des médicaments et les essais, et inclut des règles de routage et des conseils anti-patterns pour des recherches fiables et reproductibles.
Utilisez BioMCP lorsque vous avez besoin de faits biomédicaux structurés ou de littérature : résolution d'un identifiant de gène ou de maladie, récupération de la pathogénicité d'un variant, recherche d'essais cliniques ou d'informations sur la sécurité des médicaments, ou collecte d'un ensemble court d'articles révisés pour synthèse. Privilégiez-le pour les flux de travail bénéficiant de commandes CLI déterministes et pour la collecte de preuves multi-étapes reproductible.
discover, search article, get gene, drug adverse-events, article batch et les flux de travail batch/entité.Cette compétence est axée sur la CLI et adaptée aux agents pouvant exécuter des assistants shell/CLI ou invoquer des outils externes : intégrations de type Copilot/Codex, Claude Code/assistants de code pouvant exécuter ou synthétiser des commandes CLI, et tout agent capable d'appeler l'exécutable BioMCP.
BioMCP is a CLI-first biomedical data toolkit covering genes, variants, drugs, trials, diagnostics, and literature search. The SKILL.md is thorough and well-structured with detailed routing rules, anti-patterns, and how-to references. No scripts were bundled, so only static analysis was performed. The skill provides comprehensive command routing guidance but requires the biomcp CLI tool to be installed and configured, which limits out-of-the-box usability.
Well-written skill with clear routing rules and anti-patterns. No security concerns — no remote code execution, credential exposure, or destructive commands. The skill is essentially a detailed CLI reference/guide rather than an automated workflow, which is fine but means the agent must have biomcp installed. The anti-patterns section is particularly thoughtful and prevents common misuse patterns. Missing scripts directory means no automation beyond CLI invocation guidance.
Academic Research Search
Search academic literature across multiple sources, deduplicate results, resolve DOIs, and surface trusted papers with concise takeaways.
Readwise Reader Document Management
Manage Readwise Reader documents: list, save, search, move, tag, highlight, export and bulk-edit via official and custom CLIs.
ezBookkeeping API Tools
Command-line API tools for ezBookkeeping: record and query transactions, retrieve accounts/categories/tags, and fetch exchange rates for self-hosted personal fi
Kickbox Automation (Composio / Rube MCP)
Automate Kickbox workflows via the Composio Kickbox toolkit on a Rube MCP server: discover tools, manage connections, and execute schema-compliant tool calls.
Beaconstac Automation
Automate Beaconstac QR code and link management using the Rube MCP (Composio) toolkit.
Tmux Bridge
Give an agent controlled access to a local tmux terminal bridge so it can run shell commands, capture output, and manage sessions on the user's machine.
SourceSage CLI
Generate concise, LLM-friendly repository summaries (Markdown) using the SourceSage CLI — supports lite mode, language switching, and targeted repo analysis.
Nit (Nitter CLI)
Terminal client to browse tweets, view profiles, and search posts via Nitter instances without opening a browser.