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de bioskills899
Détecte les blocs de gènes synténiques et les réarrangements structurels entre génomes à l'aide de MCScanX, JCVI, GENESPACE, SyRI, AnchorWave et d'outils connexes ; conseils sur le pipeline.
Fournit un flux de travail pratique, orienté publication, pour détecter les blocs synténiques et les réarrangements structurels entre génomes. La compétence explique quels outils utiliser (MCScanX/JCVI pour la colinéarité, GENESPACE pour la synténie ancrée sur l'orthologie multi-génomes de plantes, SyRI/plotsr pour les variants structurels, AnchorWave pour l'alignement conscient du WGD), des exemples de commandes concrètes et des vérifications de post-traitement (masquage des répétitions, BUSCO, datation Ks). Elle inclut les modes d'échec par outil et des seuils quantitatifs pour des résultats fiables.
Utilisez cette compétence lorsque vous devez comparer les architectures génomiques entre espèces, identifier des inversions/translocations/duplications, construire des visualisations ripariennes/pan-géniques pour les plantes, ou effectuer une inférence d'orthologues consciente de la synténie dans les lignées polyploïdes. Elle s'applique aux analyses de publication, au contrôle qualité des assemblages avant le travail comparatif et à la génération de figures (dotplots, tracés ripariens, cartes SV).
Cette compétence est axée sur la documentation et indépendante des outils ; elle s'adresse aux environnements Linux/conda invoquant des outils CLI et des pipelines Python/R (convient aux agents pouvant exécuter des commandes shell/python/R ou invoquer des outils MCP qui encapsulent ces outils bioinformatiques).
Compétence complète d'analyse de synténie en génomique comparative provenant de GPTomics/bioSkills. Aucun script groupés — purement une compétence de connaissance/référence couvrant MCScanX, JCVI, GENESPACE, SyRI, AnchorWave et les outils connexes. Contenu exceptionnellement détaillé avec taxonomie algorithmique, arbres de décision, modes d'échec, seuils quantitatifs, exemples de pipelines et conseils sur les retours de relecteurs. La sécurité est propre, sans code exécutable ni appels réseau.
Excellente compétence de connaissance pour l'analyse de synténie. Couvre plus de 12 outils avec des pipelines pratiques, des modes d'échec et du dépannage. Aucun problème de sécurité — contenu purement éducatif. Le public de niche (chercheurs en génomique comparative) limite l'utilité globale mais apporte une valeur élevée dans ce domaine.
Enrichissement de voies KEGG (clusterProfiler)
Exécute l'enrichissement des voies et modules KEGG via clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) pour identifier les voies métaboliques et de signalisation sur-représentées dans une liste de gènes.
MS-DIAL metabolomics preprocessing
Prétraitement headless MS-DIAL pour les flux LC/GC : peak picking, déconvolution MS2Dec, alignement et import honnête de tables de caractéristiques vers R ou Python.
Seq Wrangler
Sequence data QC, trimming, alignment, and BAM processing pipeline helper — wraps FastQC, fastp/Trimmomatic, BWA/Bowtie2/Minimap2, and SAMtools for automated re
Retriever (Membrane) Integration
Integrate with Retriever via the Membrane CLI to search, query, and proxy Retriever data (documents, snippets, queries) with built-in auth and pagination.
ToolUniverse Gateway
Unified agent gateway to 1000+ scientific tools (bioinformatics, drug discovery, genomics) via Harvard's ToolUniverse, returning JSON for downstream workflows.
Crucible: Build
Orchestrates an end-to-end development pipeline: interactive design, planning, autonomous execution, and quality gates with TDD and iterative reviews.
MatchMS (mass spectrometry processing)
Mass spectrometry data processing: import/export mzML/MGF/MSP, filter and normalize spectra, compute spectral similarity (cosine/modified cosine), and build rep
Forge — SVK Skill Builder
A meta-skill that scaffolds a 5‑phase pipeline to design, build, validate, and ship SVK skills with a strict shipping checklist and automation helpers.
Image to 3D Pipeline
Convert 2D images into optimized, rigged 3D models (GLB/FBX) and animations using Hunyuan3D, Mixamo and cleanup tools — fast pipeline for web and game assets.
KEGG Pathway Enrichment (clusterProfiler)
Run KEGG pathway and module enrichment using clusterProfiler (enrichKEGG/enrichMKEGG) to find metabolic and signaling pathways over-represented in a gene list.