Analyse Phylogénétique

Ce que fait cette compétence

Cette compétence fournit un pipeline complet pour reconstruire l'histoire évolutive de séquences biologiques. Elle permet aux agents d'effectuer l'alignement de séquences multiples, d'inférer des arbres phylogénétiques en utilisant des méthodes de maximum de vraisemblance ou des méthodes approximatives, et de visualiser les arbres résultants.

Quand l'utiliser

Utilisez cette compétence pour les tâches impliquant :

• La détermination des relations évolutives entre des organismes ou des gènes.
• La phylodynamique virale et le traçage des épidémies.
• L'analyse des familles de protéines et la reconstruction de séquences ancestrales.
• Les études d'horloge moléculaire pour estimer les dates de divergence.
• La génomique microbienne et la phylogénie des espèces d'ARNr 16S.

Ce qui est inclus

• Scripts : Implémentations Python spécialisées pour l'alignement MAFFT, la construction d'arbres IQ-TREE 2, l'approximation FastTree et la manipulation ETE3.
• Références : Guides détaillés sur la sélection de modèles d'ADN et de protéines pour IQ-TREE.
• Instructions : Flux de travail étape par étape, depuis l'entrée FASTA brute jusqu'à la sortie visuelle de l'arbre (PNG), incluant le nettoyage de l'alignement via TrimAl.

Agents compatibles

Conçue pour les agents disposant de capacités d'exécution Python et d'un accès aux outils CLI de bio-informatique (via Conda/Pip), tels que Codex, Claude Code ou des agents de recherche IA personnalisés.