de immunopipe21
Intègre les données de répertoire scTCR/BCR dans un objet Seurat scRNA-seq via scRepertoire::combineExpression pour permettre l'analyse et la visualisation d'expressions basées sur les clonotypes.
La combinaison d'expressions ScRep intègre les métadonnées des récepteurs immunitaires (TCR/BCR) — séquences CDR3, appels de gènes V(D)J, comptages et proportions de clonotypes — dans les métadonnées d'un objet Seurat à l'aide de scRepertoire::combineExpression(). Le résultat permet des analyses en aval tenant compte des clonotypes, telles que la distribution des clonotypes à travers les clusters RNA, des résumés d'expansion clonale et des entrées pour des outils comme CDR3Clustering et ClonalStats.
Utilisez ce processus lorsque vous disposez de données de séquençage de récepteurs à cellule unique (scTCR-seq ou scBCR-seq) et de données scRNA-seq provenant des mêmes cellules et que vous devez : intégrer les appels de récepteurs dans les métadonnées Seurat, calculer les fréquences de clonotypes par échantillon ou cluster, filtrer les cellules non productives, ou préparer des entrées pour des analyses et visualisations centrées sur les clonotypes. Le placement typique se fait après ScRepLoading et SeuratClustering (ou TOrBCellSelection).
Compatible avec les agents d'analyse et d'orchestration de pipeline capables d'exécuter des flux de travail de cellule unique basés sur R ou de composer des étapes de pipeline (agents CI/pipeline, exécuteurs de flux de travail). Les opérations de base supposent la disponibilité de R et de scRepertoire dans l'environnement d'analyse.
Cette compétence n'a pas encore été examinée par notre pipeline d'audit automatisé.
