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de immunopipe21
Intègre les données de répertoire scTCR/BCR dans un objet Seurat scRNA-seq via scRepertoire::combineExpression pour permettre l'analyse et la visualisation d'expressions basées sur les clonotypes.
La combinaison d'expressions ScRep intègre les métadonnées des récepteurs immunitaires (TCR/BCR) — séquences CDR3, appels de gènes V(D)J, comptages et proportions de clonotypes — dans les métadonnées d'un objet Seurat à l'aide de scRepertoire::combineExpression(). Le résultat permet des analyses en aval tenant compte des clonotypes, telles que la distribution des clonotypes à travers les clusters RNA, des résumés d'expansion clonale et des entrées pour des outils comme CDR3Clustering et ClonalStats.
Utilisez ce processus lorsque vous disposez de données de séquençage de récepteurs à cellule unique (scTCR-seq ou scBCR-seq) et de données scRNA-seq provenant des mêmes cellules et que vous devez : intégrer les appels de récepteurs dans les métadonnées Seurat, calculer les fréquences de clonotypes par échantillon ou cluster, filtrer les cellules non productives, ou préparer des entrées pour des analyses et visualisations centrées sur les clonotypes. Le placement typique se fait après ScRepLoading et SeuratClustering (ou TOrBCellSelection).
Compatible avec les agents d'analyse et d'orchestration de pipeline capables d'exécuter des flux de travail de cellule unique basés sur R ou de composer des étapes de pipeline (agents CI/pipeline, exécuteurs de flux de travail). Les opérations de base supposent la disponibilité de R et de scRepertoire dans l'environnement d'analyse.
Compétence de documentation pure décrivant la configuration du processus ScRepCombiningExpression pour le pipeline bioinformatique immunopipe. Aucun script ou étape exécutable — juste une référence détaillée des paramètres TOML pour scRepertoire::combineExpression(). Bien rédigée en tant que documentation, mais n'est pas une compétence d'agent actionnable : pas d'étapes de flux, pas de scripts, pas de contrats de sortie. Public extrêmement restreint (utilisateurs d'immunopipe + scRepertoire).
Il s'agit d'une page de documentation se faisant passer pour une compétence. Elle décrit en détail les paramètres des fonctions R mais ne fournit aucun flux exécutable par un agent. Elle bénéficierait de scripts réels ou, au minimum, d'instructions étape par étape qu'un agent pourrait suivre. La sécurité est parfaite (100) car il n'y a rien d'exécutable.
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