Prédiction Fonctionnelle du Microbiome (PICRUSt2)

Prédisez le contenu fonctionnel du métagénome et déduisez les abondances KEGG, MetaCyc et EC à partir de données de gènes marqueurs ARNr 16S.

déclencheurs:predict metagenome functional contentPICRUSt216S rRNA functional profilinginfer KEGG abundancesMetaCyc pathways

GitHub SKILL.md

Ce que fait ce skill

Ce skill permet à l'agent de réaliser un profilage fonctionnel des microbiomes en utilisant des données de gènes marqueurs ARNr 16S. Il s'appuie sur le pipeline PICRUSt2 pour prédire le contenu fonctionnel des métagénomes sans nécessiter un séquençage métagénomique shotgun coûteux.

Quand l'utiliser

Utilisez ce skill lorsque vous disposez de tables ASV issues de données 16S et que vous devez déduire les voies métaboliques (MetaCyc), les orthologues (KEGG) ou les commissions enzymatiques (EC) présentes dans les échantillons.

Ce qui est inclus

Instructions : Guide procédural détaillé sur la préparation des fichiers d'entrée (R/phyloseq), l'exécution du pipeline PICRUSt2 via CLI, la réalisation du contrôle qualité à l'aide de NSTI (Nearest Sequenced Taxon Index) et l'analyse des résultats via R et Python.
Étapes du pipeline : Couvre le placement des séquences, la prédiction d'état caché, l'inférence du métagénome et la mise en correspondance des descriptions de voies.

Agents compatibles

Claude Code, Codex et d'autres shells agentiques ayant accès à un environnement Linux où PICRUSt2 et R/Python sont installés.

Étiquettes

#bioinformatics #microbiome #picrust2 #metagenomics #16s-rrna #functional-prediction #kegg #metacyc

Pas encore audité

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Informations

Dépôt: claude-skill-registry
Étoiles: 536

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