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Analysez, filtrez et trimmez les scores de qualité des lectures de séquences FASTQ à l'aide de Biopython pour garantir des données génomiques de haute qualité.
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Résume les variants structurels à partir d'un VCF SV : comptages par type, classification par taille et gestion basique des BND pour DEL/DUP/INV/TRA/INS.
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Identifie les domaines d'association topologique (TADs) à partir de matrices de contact Hi-C via les scores d'isolation et HiCExplorer ; génère les frontières et les intervalles de TAD pour les analyses en aval.
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Commandes et exemples pour convertir les formats de génotypes et exécuter les filtres QC standards (MAF, geno, mind, HWE) avec PLINK 1.9/2.0.
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Interrogez l'API AlphaFold EBI pour récupérer des structures de protéines prédites, télécharger des fichiers PDB/CIF et inspecter les métriques de confiance (pLDDT/PAE).
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Exécutez des analyses de génétique des populations de style DnaSP (π, D de Tajima, LD, MK, Ka/Ks, SFS) sur des séquences alignées localement et produisez des rapports TSV/Markdown.
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Traitement de données génomiques haute performance avec polars-bio et Polars : gestion streaming VCF/FASTA/BED, jointures d'intervalles, annotation de variantes et conversion Parquet
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Interrogez le catalogue GWAS de NHGRI-EBI pour les associations SNP-trait, la recherche de variants, la recherche de traits et les statistiques sommaires pour l'épidémiologie génétique et les travaux de PRS.
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Recherche et récupération de prépublications en sciences de la vie depuis bioRxiv via API.
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Construisez et analysez des arbres évolutifs à l'aide de MAFFT, IQ-TREE 2 et FastTree avec une visualisation via ETE3.
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Interrogez la Cancer Dependency Map (DepMap) pour obtenir des scores de dépendance génique, la sensibilité aux médicaments et les vulnérabilités génétiques spécifiques au cancer.
Bioclaw Skills Hub
Flux de travail complet de métagénomique shotgun incluant le QC d'épuisement de l'hôte, le profilage taxonomique, l'analyse fonctionnelle et les résumés AMR.
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Isole les cellules T et B à partir de populations cellulaires mixtes en utilisant des données VDJ, des gènes marqueurs ou le clustering k-means.
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Accès programmatique au Catalogue des Mutations Somatiques dans le Cancer (COSMIC) pour la génomique du cancer et la recherche en oncologie de précision.
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Prédiction de structures open-source pour les complexes de protéines, d'acides nucléiques et de petites molécules.
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Identifie et valide l'espacement des échantillons QCpool dans les exports de métabolomique/lipidomique Sciex Multiquant.
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Chargez des checkpoints de modèles PyTorch pré-entraînés pour classer des molécules candidates ou analyser des spectres en métabolomique sans réentraînement.
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Intègre des informations séquentielles dans les paires m/z-intensité du spectre de masse pour l'interprétation MS/MS basée sur les transformeurs dans IDSL_MINT.